Из портала пропадает древесина мечтаний, кидаю жизнедерево, вижу выходит древесина мечтаний, но в инвентарь не попадает

На вашей же базе

Возможно иногда случаются проблемы конкретно с этим типом крафта при нагрузке в конкретном чанке или же вовсе на сервере.

Стоит переставить механизм в другой чанк или подождать.