Здравствуйте. Не понял вопрос, "почему с модификациями не делаются соты".
Ближе к сути.
Сами пасеки, это много больших ульев в одном блоке, в зависсимости от уровня 16/32/64 слотов под пчёл.
Каждая ячейка, это отдельная пасесека (будем называть так). Вы выбираете слот вот тут.

Выбранный слот напрямую связан с показанным инвентарем сверху и все модули так же связаны с одним слотом.

Теперь к режимам работы.
Шаблонный - его нужно всегда ставить первыми слотами и только. Когда в пасеку через трубы и тд поступает пчела - она будет проверять, может ли положиться в слот пасеки, да - кладем, нет - ищем дальше куда положить.
Автоматический - подставляется любая пчела, что приходит из вне, не учитываются шаблонные режимы.
Ручной - работа только в ручном порядке, пчелы можно класть только руками.