Здравствуйте. Так и должно быть. Это не баг и не проблема. Конструкция изначально планировалась на поддержку крафтов с потреблением ресурсов в несколько миллиардов, а не по 1-2 предмета. Также заказ крафтов через МЭ уже был добавлен по многочисленным просьбам, как опция.
Пока что не планируется изменять концептуально это ограничение. Возможно в дальнейшем с доработкой модификации это предложение будет рассмотрено.
Заодно отпишу почему так.
Астральный синтезатор был разработан, как использование огромного количества ресурсов с хранилища для создания чего либо. Также есть условие работы, что Астральный синтезатор не может что либо принимать или создавать, пока там что-то крафтиться.
В интеграции с АЕ через АЕ Хранилище, и заказ через астральный синтезатор, МЭ система выступает как огромный сундук. Получается астральный синтезатор может сразу взять эти ресурсы и их использовать, если они в наличии. Выходит что вы можете одним крафтом запросить много ресурсов для создания.
В случае заказ через МЭ. МЭ сеть делает заказы (Не синтезатор, важное замечание) по одному предмету, независимо. Это принцип работы самой МЭ системы. Получается МЭ сеть может поставлять 1 крафт в астральный синтезатор. А за условием работы (Астральный синтезатор не может что либо принимать или создавать, пока там что-то крафтиться), больше ресурсов синтезатор принять не может, пока не завершиться крафт. Это что-то похоже, как режим в интерфейсе "Не поставлять, пока что-то есть".